العامل المسبب للطاعون هو بكتيريا يرسينيا بيستيس، صغيرة متعددة الأشكال، سلبية الغرام، غير متحركة، من فصيلة الأمعائيات من جنس يرسينيا. لها كبسولة مخاطية ولا تُكوّن أبواغًا. وهي لاهوائية اختيارية، مصبوغة بصبغات أنيلين ثنائية القطب (أكثر كثافة عند الحواف). هناك أنواع من بكتيريا الطاعون، مثل الجرذان، والمرموط، والغوفر، والجربوع، والجربوع.
