سبب التهاب الكبد الوبائي سي المزمن هو فيروس التهاب الكبد الوبائي سي، الذي اكتشفه هوتون وآخرون عام ١٩٨٩. غالبًا ما يؤدي فيروس التهاب الكبد الوبائي سي إلى الإصابة بالتهاب الكبد المزمن، والذي قد يتطور إلى تليف الكبد وسرطان الخلايا الكبدية. يُلاحظ انتقال التهاب الكبد الوبائي سي الحاد إلى المزمن بنسبة ٥٠-٨٠٪.