يُعدّ الكشف عن العامل المُمرض بالغ الأهمية لتأكيد تشخيص داء المتكيسات الرئوية. المواد الرئيسية المستخدمة في الدراسة هي البلغم، وإفرازات الشعب الهوائية، وعينات الغسل المأخوذة أثناء غسل الشعب الهوائية أو غسل القصبات الهوائية، وقطع من أنسجة الرئة المأخوذة أثناء الخزعة عبر الشعب الهوائية أو عن طريق الجلد أو الخزعة المفتوحة. في أغلب الأحيان، ونظرًا لخطورة حالة المريض، لا تُجرى هذه الفحوصات لتجنب المضاعفات.
