سريريًا، لا يُمكن تشخيص داء الشيغيلات إلا في حالات وجود نوع شائع من التهاب القولون. ولتوضيح التشخيص في الحالات التي لا تُؤكدها الفحوصات المخبرية، يُجرى تنظير المستقيم، والذي يكشف في جميع حالات داء الشيغيلات عن التهاب القولون (نزفي، أو نزفي، أو تآكلي تقرحي) مع تلف الغشاء المخاطي للقولون البعيد، وغالبًا ما يكون التهاب العضلة العاصرة.