أسباب التهاب المرارة المزمن ليست واضحة دائمًا. يُفترض أن المرض قد يكون نتيجة التهاب مرارة حاد، إلا أن بيانات التاريخ المرضي تؤكد هذا الافتراض لدى بعض الأطفال فقط. توجد دائمًا تقريبًا مؤشرات على الإصابة بأمراض معدية مختلفة (التهاب اللوزتين المزمن، تسوس الأسنان، التهاب الزائدة الدودية، التهاب الحويضة والكلية، التهابات معوية، إلخ).