ينتمي العامل المسبب لالتهاب الدماغ الفيروسي المنقول بالقراد إلى جنس الفيروسات المصفرة. الفيريون كروي الشكل، قطره 40-50 نانومتر، ويحتوي على الحمض النووي الريبوزي (RNA)، ويتكاثر جيدًا في العديد من مزارع الأنسجة. من بين حيوانات المختبر، تُعدّ الفئران البيضاء والهامستر والقرود وجرذان القطن الأكثر حساسية للفيروس. كما أن العديد من الحيوانات الأليفة معرضة أيضًا للإصابة بفيروس التهاب الدماغ المنقول بالقراد.