ينتمي فيروس التهاب الدماغ المنقول بالقراد إلى عائلة الفيروسات المصفرة. يتراوح حجم الفيروس بين 45 و50 نانومترًا، ويتكون من غلاف نووي ذي تناظر مكعب، ومغطى بغشاء. يحتوي الغلاف النووي على الحمض النووي الريبوزي (RNA) والبروتين C (اللب). يتكون الغشاء من نوعين من البروتينات السكرية (الغشاء M، والغشاء E) والدهون.