تحدث مضاعفات القناة الصفراوية بعد زراعة الكبد في 10-20% من الحالات. وتشمل هذه المضاعفات التضيقات، وتسرب الصفراء، والناسور، والتهاب القناة الصفراوية. قد تُلاحظ تضيقات في المفاغرة ناجمة عن أخطاء فنية، والتهاب ناجم عن تسرب الصفراء والتليف، وتضيقات غير مرتبطة بالتفاغر، تتشكل فوق المفاغرة باتجاه بوابة الكبد، وتنجم في بعض الحالات عن نقص تروية القناة.