الأسباب الأكثر شيوعا لالتهاب الحويضة والكلية هي ممثلو عائلة Entembacteriaceae (عصيات سلبية الجرام)، والتي تشكل Escherichia coli حوالي 80٪ منها (في الحالات الحادة غير المعقدة)؛ مسببات الأمراض الأقل شيوعا هي Proteus spp.، Klebsiella spp.، Enterobacter spp.، Citrobacter spp.
