تلعب البكتيريا الملوية البوابية (Helicobacter pylori)، التي اكتُشفت في أواخر القرن العشرين، الدور الأهم في تطور مرض قرحة المعدة، إذ تُضعف الخصائص الوقائية للغشاء المخاطي وتزيد من عدوانية العصارة المعدية. وتُكتشف هذه البكتيريا لدى 90% من مرضى قرحة الاثني عشر و85% من مرضى قرحة المعدة.