يُستخدم تحديد الأجسام المضادة للجزء الميكروسومي من الغدة الدرقية لتشخيص التهاب الغدة الدرقية المناعي الذاتي وقصور الغدة الدرقية، حيث يرتفع مستوى الأجسام المضادة في الدم. تُشكل الأجسام المضادة للميكروسومات الدرقية معقدات مناعية على سطح الخلايا، وتُنشط الخلايا الليمفاوية المتممة والخلايا السامة للخلايا، مما يؤدي إلى تدمير الخلايا وتكوين عملية التهابية في الغدة الدرقية.