في معظم حالات الاستخدام التشخيصي لتصوير دوبلر بالموجات فوق الصوتية، يُجرى بالتزامن مع تصوير دوبلر عبر الجمجمة. يُستثنى من هذه القاعدة المرضى الذين يعانون من نوافذ زمنية غير واضحة أو غائبة تمامًا، بالإضافة إلى المرضى الذين يستحيل عليهم إجراء تصوير دوبلر عبر الجمجمة لأسباب أخرى (7-12% من إجمالي عدد الحالات).