في حالة الإصابة الخلقية بالفيروس المضخم للخلايا، تعتمد طبيعة الضرر الذي يلحق بالجنين على مدة الإصابة. قد تؤدي الإصابة الحادة بالفيروس المضخم للخلايا لدى الأم خلال الأسابيع العشرين الأولى من الحمل إلى أمراض جنينية خطيرة، مما قد يؤدي إلى الإجهاض التلقائي، ووفاة الجنين داخل الرحم، وولادة جنين ميت، وتشوهات خلقية، وفي معظم الحالات، تكون غير متوافقة مع الحياة. أما في حالة الإصابة بالفيروس المضخم للخلايا في المراحل المتأخرة من الحمل، فإن تشخيص حياة الطفل ونموه الطبيعي يكون أفضل.
